CAPES se focaliza en el estudio y la transferencia de conocimiento aplicado, interdisciplinario y relevante que emerge de sus 7 líneas de investigación (y los proyectos asociados a su línea de Dirección) independientes, pero interrelacionadas:
- Investigación
- Soluciones basadas en la naturaleza para la recuperación de ecosistemas degradados por el ser humano bajo el cambio climático
- Aproximaciones desde la bioingeniería para la protección del medio ambiente y las tecnologías sostenibles
- Fisiología y ecología del cambio global
- Teoría poblacional aplicada a la predicción de dinámicas de sistemas socioecológicos
- Gestión de recursos naturales sostenibles e investigación en política pública
- Intensificación ecológica para una agricultura sostenible
- Servicios ecosistémicos y comportamiento humano