CAPES se focaliza en el estudio y la transferencia de conocimiento aplicado, interdisciplinario y relevante que emerge de sus 7 líneas de investigación (y los proyectos asociados a su línea de Dirección) independientes, pero interrelacionadas:
- Investigación
- Impactos ambientales de los metales y rehabilitación de suelos
- Aproximaciones de la bioingeniería a la protección del medio ambiente
- Fisiología del cambio global
- Dinámicas de población, cambio global y sustentabilidad
- Gestión sustentable de los recursos naturales
- Intensificación ecológica y agricultura sustentable
- Servicios ecosistémicos y comportamiento humano
- Invasiones biológicas y conservación